看到志莲净苑的灾难状况，志莲同人和香港佛教界倍感忧虑，深恐志莲因无人主持，令大好佛地荒废，道场沦为丘墟，遂自发集合起来，共商解困之计。1943年5月16日，在东莲觉苑藏经阁举行的会议上，决定组织有志莲同人、债团人、佛教界人士参加的志莲维持委员会，霭亭法师、仁波法师、浣青法师、蓝昌源居士、陈慧婉居士五人（后再增加林楞真居士）为常务委员，推举霭亭法师为召集人。一周后举行的常务会议上，又决议公函礼请霭亭法师为志莲净苑第二任住持，任期三年，负责处理苑内外一切事务。
霭亭法师是国内及香港著名高僧，亦为当代教育的推动者，早年毕业于杭州华严大学，1928年住持焦山竹林寺时创办竹林佛学院培养僧才，以此创举开风气之先，带动了后来多所佛学院的出现。1932年，法师应何东爵士夫人张莲觉居士之邀来到香港，除主持东莲觉苑的「宝觉佛学研究社」展开佛学教育外，又发行
广泛宣传佛教文化，并协助张莲觉居士创立「宝觉女子商科学校」，陆续在香港、澳门兴办了多所义学，更常应邀在港澳各佛教道场讲经说法，法缘深厚。此时由霭亭法师临危受命担任志莲净苑住持，可谓众望所归，威望所致。在志莲净苑升座之际，霭亭法师向众人做了如下表述：「谬蒙维持本苑诸公，委以住持重责，深惧力不胜任。惟以道场成败，关系法化前途至深且巨，谊之所在，不容推诿，只好勉尽棉力，聊效奔走之劳。至于将来如何复兴，如何发展，还希诸位一本以往护法精神，协力推动，深信前途光明，实无限量。语云：众擎易举，有愿必成，现在多培植一分善因，将来必多收获一分善果，谨誓真诚，愿与诸君共勉焉。虽然如是，即今升座一句，如何举扬:
『将此身心奉尘刹，是则名为报佛恩！』」
兵荒马乱之中，要维持一个完整的志莲净苑是极其艰难的，能保持现状即属幸事。清理内外债务，登记苑舍房屋土地，申请减免地税，诸如此类刻不容缓的繁杂事务必须及时处理，经费入不敷出还需设法募捐……世道混乱，佛门净地也无一日安宁， 霭亭法师在净苑常务理事会上曾这样报告：「本苑树木也常有村匪土痞强偷暗斩，本人每日看守，与土痞奋斗，曾有一次拿获一贼，原拟送到宪兵队究治，但以小事而要其吃苦，只得放之……」 处境之难，由此可见一斑。1945年2月，日占政府强征志莲净苑场地，命令所有佛像、物品都必须搬走，幸有法云精舍大力相助，借与用地、房屋以安奉佛像庄严品及一切家俬，还需委托日本佛教布教士
帮忙申请保存净苑的全部建筑物。在此期间，弘智尼师和护法居士蓝昌源、林楞真、王学仁、陈静涛、王道等人与霭亭法师同心同德，为维持志莲净苑殚精竭虑，功不可没。
1945年8月，第二次世界大战以日本战败投降告终。9月16日，英国海军少将 Cecil Harcourtz 在香港代表英国和中国接受日军投降，香港又重新回到英国的统治之下。
同年，香港佛教联合会正式注册成立，霭亭法师与后来成为志莲净苑第七任住持的瑞融尼师均为创会者。
此时德高望重的霭亭法师已到望六之年，尚有诸多未了心愿，他决意辞去志莲净苑住持职务，谢绝了众人的一再诚恳挽留。于是在9月23日，志莲净苑的特别理事会议又推举弘智法师为第三任（临时）住持，聘书任命。
刚刚经历过战争蹂躏的香港，政府尚未恢复，秩序陷于真空，又面临通货膨胀、失业、抢掠、卫生状况恶劣等严重的社会问题。志莲净苑劫后余生，已与战前生气勃勃的面貌无法相比，日军强征志莲长期占用，待战后人们重新回到净苑时，「寸木没有，门户洞开」，「满目苍凉，遍地荆棘，水源断绝，只靠挑井。盗贼纷乘砖石瓦木，如取如携，打石伐树，偷抢铁枝，强夺水喉，幸值卫生局为水源事到苑调查，匪众始稍敛迹」（1946年10月6日 志莲特别理事会记录），
。弘智法师遂从修理房屋开始，率众重兴道场，然而经济能力有限，只能局部进行。
关于志莲净苑的性质，在维持委员会聘任霭亭法师作第二任住持的聘书上，已经明确为十方丛林。1946年10月，有四众到志莲，发起将志莲净苑扩组为女众十方丛林。因港九地区没有尼众十方丛林，各当家、住众、居士原计划以位于屯门的著名古寺青山寺为之用，但青山地处偏远，交通不便，志莲净苑从各方面考虑更加因缘具足，于是当年成立了有各方参与的「十方尼众丛林筹备会」，由仁波法师、弘智法师、瑞融法师、林楞真居士和张慧炬居士任委员，在众人的共同努力下，把志莲建成女众十方丛林渐成现实。
1947年6月2日的特别理事会决定：志莲净苑举办女众道场，成为女众十方丛林；由志莲创办人之一蓝昌源女士协同志莲同人、香港佛教联合会代表共同组建管理委员会。其后的1948年7月18日的志莲同人大会上，出席者一致赞成将志莲净苑改为女众十方道场，并决定注册为有限公司。会上即席推选出以海仁法师为主席的志莲净苑董事会，苑董十二人，负责注册事宜并主持内外一切苑务（1949年改由王学仁居士担任董事会主席）。
同年，志莲净苑设立了相应的职能部门，总务部主任由住持弘智法师兼任，海仁法师任弘法部主任，财务部主任为陈静涛居士，庶务部主任为范慧赞居士。
苇庵法师发心建立一所女众十方丛林的遗愿实现了。
